Sim, é muito frequente isso acontecer.
A pele dos bebés é muito sensível, pelo que é habitual que reaja com mais exuberância. Por esse motivo, quando desenvolve borbulhas ou outras lesões (independentemente da causa), muitas vezes a cicatrização demora e deixa marcas mais escuras (ou, por vezes, mais claras). Na verdade, a tendência natural é que essas marcas saem naturalmente, mas isso é algo que pode demorar semanas ou meses a acontecer.
Nesta altura do ano, é fundamental reforçar a proteção solar, para que as marcas não fiquem definitivamente com uma coloração diferente (pode ver mais sobre esse assunto aqui).