Augusto Magalhães é Oftalmologista, com diferenciação nas áreas da Oftalmologia Pediátrica e Estrabismo.
Desenvolve a sua actividade clínica na Unidade de Oftalmologia Pediátrica do Serviço de Oftalmologia do Hospital de S. João.
É membro da Sociedade Portuguesa de Oftalmologia, European Strabismology Association e International Strabismological Association. É também o Delegado Português do European Board of Ophtalmology e da Secção de Oftalmologia da European Union of Medical Specialists.
Desempenha ainda a função o Presidente do Colégio de Oftalmologia da Ordem dos Médicos e da Comissão Nacional para a estratégia da saúde da Visão.
É o autor e editor do site www.oftalmologia-pediatrica.eu